نظام منافذ مخصصات صمم لإدارة صرف المخصصات والخدمات عبر المال المقيد، وتتمثل مهام عمل النظام في إدارة صرف وتقديم المخصصات العينية والخدمات بشكل ممنهج يرتكز على ترشيد الجهود والتكاليف المادية والبشرية للجهات الحكومية والتجارية من خلال تقليص عمليات المناقصات والمشتريات وتحديدها في قطاع تجاري محدد لإتاحة المنافسة العادلة حسب الخدمات المقدمة من مزودي الخدمات والمنتجات.
لتمكين المستفيد النهائي من الخدمة بالحصول على المخصص عبر عدة خيارات تحددها المنظمة وتحدد اشتراطاتها الفنية والإدارية والمالية م بالتنسيق مع الجهات التجارية المعتمدة.